Le nom de Villeneuve-sur-Auvers serait issu du latin “villa”=“ferme, domaine agricole” et de “nova”=“neuve”.

Une grotte ornée datant de la préhistoire marque sans doute l’une des premières occupations du site.
L’endroit s’est développé autour de deux noyaux. Le village de Villeneuve-sur-Auvers et son hameau, le Mesnil-Racoin.
L’absence de cours d’eau a entrainé la construction de puits dès le moyen-âge. A cette époque, il existait un château fort, dont il ne reste rien aujourd’hui. Longtemps, le Mesnil-Racoin a été plus important que le centre du village, ce qui explique que le hameau soit pourvu d’une école dès 1846, alors qu’il faut attendre 1882 pour qu’il en soit de même à Villeneuve. C’est pendant cette période que des carrières de grès sont exploitées, employant une soixantaine d’ouvriers, dont une vingtaine d’Italiens. Ces carrières produisaient des pavés destinés aux rues parisiennes.

Villeneuve-sur-Auvers, paroisse du Gâtinais dans le gouvernement d’Orléans, ancien diocèse de Sens, comptait « 46 feux » en 1763 ; 230 habitants en 1789; 418 en 1899 et 620 aujourd’hui.